核定原則的確立是核定制度建立的基石，是稅法精神在稅收核定制度中的體現(xiàn)。然而，中國的稅收立法長期受到歷史傳統(tǒng)思想的影響，體現(xiàn)出官本位的思想，將效率優(yōu)先放在首位，而這正與稅收法定原則和稅收公平原則相違背。例如，《征管實施細則》第38條規(guī)定，稅務機關選擇稅款征收的方式，應保障稅款的及時入庫，同時降低稅收成本和方便納稅人為前提。這表明，征收方式的選擇優(yōu)先考慮的是稅收的財政職能和行政效率職能。

在核定征收爭議解決途徑方面，沒有貫徹保護納稅人利益的理念。就復議前置而言，它在解決稅務糾紛的大量性、專業(yè)性、注重時效性等方面都有獨特的作用。但是，如果復議機關不能保障自身的獨立性，而是受到原處理機關影響的話小規(guī)模核定征收，稅務機關優(yōu)先考慮自身利益，復議程序所應追求的最基本的價值公平正義、解決征納雙方的沖突，就很難實現(xiàn)。先繳納稅款或提供擔保的制度設計尤其不利于保障納稅人的訴權。法律如此規(guī)定，是為了保障的稅收利益，避免納稅人利用尋求救濟的方式來拖延納稅時間，保障稅款及時安全入庫。但是，這一規(guī)定確實削弱了納稅人尋求司法救濟的熱情。

一方面，司法對行政權的監(jiān)督作用難以發(fā)揮的原因在于，在審理稅收案件時，法院也會優(yōu)先考慮稅收利益，有利益傾向性，沒有保持足夠的中立。“法官中立性主要指作為解決法律糾紛三方組合訴訟結構中的一方，法官在參與訴訟解決糾紛過程中所保持的不偏不倚、超然于任何其他兩方的一種屬性或狀態(tài)?！?但是，由于我國是“大行政”體制，是行政主導型，政府實行權威管理，由政府來主導社會?！霸谖覈瑱嗔ε渲檬沟迷谛姓降墓芾眢w制下行使審判權缺乏獨立性，因而司法在某種程度上缺乏裁決的終局性、獨立性和權威性?！?/p>

納稅人協(xié)助義務的違反并不影響稅務機關的盡職調查義務，舉證責任也不因此而移轉，事實不清稅務機關仍要承擔敗訴之風險。在核定征收的適用方面，如果納稅人能夠提供證據(jù)進行駁斥稅務機關，并且滿足優(yōu)勢證據(jù)標準小規(guī)模核定征收，那么核定征收的適用就會得到否定。在計稅依據(jù)的證明方面，核定征收只是以證明程度較低的間接證據(jù)確定計稅依據(jù)，稅務機關高度蓋然性的舉證義務變得不再適用，為稅負的公平核課，只能盡可能的還原真實之計稅依據(jù)。

核定征收程序和方法，主要規(guī)定在《稅收征收管理法實施細則》第四十七條小規(guī)模核定征收。其中規(guī)定了三種核定應納稅額的方法：，參照當?shù)赝愋袠I(yè)或者類似行業(yè)中經(jīng)營規(guī)模和收入水平相近的納稅人的稅負水平核定；，按照營業(yè)收入或者成本加合理的費用和利潤的方法核定；第三小規(guī)模核定征收，按照耗用的原材料、燃料、動力等推算或者測算核定。并且還規(guī)定以上一種方法不足以正確核定應納稅額時，可以同時釆用兩種以上的方法核定。

在確定計稅依據(jù)方面，征納雙方應遵循一種確定的法定程序必然成為我們所需要考慮的問題，征納雙方應盡可能的提供自己優(yōu)勢證據(jù)以說服對方對自己依據(jù)的認可。我們知道，市場是由大量紛繁蕪雜的交易行為構成的，而在市場經(jīng)濟條件下一切交易活動又都是通過訂立和履行合同來完成的。如果合同在真實的意思表示下所達成的，那么這本身就是一個交易理應得到保障的正當?shù)睦碛桑徽撨@個合同交易額是大是小。核定征收的一個依據(jù)是計稅依據(jù)明顯偏低，又無正當理由，在無明確法律規(guī)定的情況下，為了避免核定征收甚至被罰款，就需要明確正當理由的概念和其論證規(guī)則。因此核定征收舉證規(guī)則是我們所需要明晰的。