核定原則的確立是核定制度建立的基石，是稅法精神在稅收核定制度中的體現(xiàn)。然而，中國(guó)的稅收立法長(zhǎng)期受到歷史傳統(tǒng)思想的影響，體現(xiàn)出官本位的思想，將效率優(yōu)先放在首位，而這正與稅收法定原則和稅收公平原則相違背。例如，《征管實(shí)施細(xì)則》第38條規(guī)定，稅務(wù)機(jī)關(guān)選擇稅款征收的方式，應(yīng)保障稅款的及時(shí)入庫(kù)，同時(shí)降低稅收成本和方便納稅人為前提。這表明，征收方式的選擇優(yōu)先考慮的是稅收的財(cái)政職能和行政效率職能。

在核定征收爭(zhēng)議解決途徑方面，沒(méi)有貫徹保護(hù)納稅人利益的理念。就復(fù)議前置而言，它在解決稅務(wù)糾紛的大量性、專業(yè)性、注重時(shí)效性等方面都有獨(dú)特的作用。但是，如果復(fù)議機(jī)關(guān)不能保障自身的獨(dú)立性，而是受到原處理機(jī)關(guān)影響的話小規(guī)模核定征收，稅務(wù)機(jī)關(guān)優(yōu)先考慮自身利益，復(fù)議程序所應(yīng)追求的最基本的價(jià)值公平正義、解決征納雙方的沖突，就很難實(shí)現(xiàn)。先繳納稅款或提供擔(dān)保的制度設(shè)計(jì)尤其不利于保障納稅人的訴權(quán)。法律如此規(guī)定，是為了保障的稅收利益，避免納稅人利用尋求救濟(jì)的方式來(lái)拖延納稅時(shí)間，保障稅款及時(shí)安全入庫(kù)。但是，這一規(guī)定確實(shí)削弱了納稅人尋求司法救濟(jì)的熱情。

一方面，司法對(duì)行政權(quán)的監(jiān)督作用難以發(fā)揮的原因在于，在審理稅收案件時(shí)，法院也會(huì)優(yōu)先考慮稅收利益，有利益傾向性，沒(méi)有保持足夠的中立。“法官中立性主要指作為解決法律糾紛三方組合訴訟結(jié)構(gòu)中的一方，法官在參與訴訟解決糾紛過(guò)程中所保持的不偏不倚、超然于任何其他兩方的一種屬性或狀態(tài)?！?但是，由于我國(guó)是“大行政”體制，是行政主導(dǎo)型，政府實(shí)行權(quán)威管理，由政府來(lái)主導(dǎo)社會(huì)。“在我國(guó)，權(quán)力配置使得在行政式的管理體制下行使審判權(quán)缺乏獨(dú)立性，因而司法在某種程度上缺乏裁決的終局性、獨(dú)立性和權(quán)威性?！?/p>

納稅人協(xié)助義務(wù)的違反并不影響稅務(wù)機(jī)關(guān)的盡職調(diào)查義務(wù)，舉證責(zé)任也不因此而移轉(zhuǎn)，事實(shí)不清稅務(wù)機(jī)關(guān)仍要承擔(dān)敗訴之風(fēng)險(xiǎn)。在核定征收的適用方面，如果納稅人能夠提供證據(jù)進(jìn)行駁斥稅務(wù)機(jī)關(guān)，并且滿足優(yōu)勢(shì)證據(jù)標(biāo)準(zhǔn)小規(guī)模核定征收，那么核定征收的適用就會(huì)得到否定。在計(jì)稅依據(jù)的證明方面，核定征收只是以證明程度較低的間接證據(jù)確定計(jì)稅依據(jù)，稅務(wù)機(jī)關(guān)高度蓋然性的舉證義務(wù)變得不再適用，為稅負(fù)的公平核課，只能盡可能的還原真實(shí)之計(jì)稅依據(jù)。

核定征收程序和方法，主要規(guī)定在《稅收征收管理法實(shí)施細(xì)則》第四十七條小規(guī)模核定征收。其中規(guī)定了三種核定應(yīng)納稅額的方法：，參照當(dāng)?shù)赝愋袠I(yè)或者類似行業(yè)中經(jīng)營(yíng)規(guī)模和收入水平相近的納稅人的稅負(fù)水平核定；，按照營(yíng)業(yè)收入或者成本加合理的費(fèi)用和利潤(rùn)的方法核定；第三小規(guī)模核定征收，按照耗用的原材料、燃料、動(dòng)力等推算或者測(cè)算核定。并且還規(guī)定以上一種方法不足以正確核定應(yīng)納稅額時(shí)，可以同時(shí)釆用兩種以上的方法核定。

在確定計(jì)稅依據(jù)方面，征納雙方應(yīng)遵循一種確定的法定程序必然成為我們所需要考慮的問(wèn)題，征納雙方應(yīng)盡可能的提供自己優(yōu)勢(shì)證據(jù)以說(shuō)服對(duì)方對(duì)自己依據(jù)的認(rèn)可。我們知道，市場(chǎng)是由大量紛繁蕪雜的交易行為構(gòu)成的，而在市場(chǎng)經(jīng)濟(jì)條件下一切交易活動(dòng)又都是通過(guò)訂立和履行合同來(lái)完成的。如果合同在真實(shí)的意思表示下所達(dá)成的，那么這本身就是一個(gè)交易理應(yīng)得到保障的正當(dāng)?shù)睦碛桑徽撨@個(gè)合同交易額是大是小。核定征收的一個(gè)依據(jù)是計(jì)稅依據(jù)明顯偏低，又無(wú)正當(dāng)理由，在無(wú)明確法律規(guī)定的情況下，為了避免核定征收甚至被罰款，就需要明確正當(dāng)理由的概念和其論證規(guī)則。因此核定征收舉證規(guī)則是我們所需要明晰的。