既然核定征收是為了盡可能還原真實的計稅依據(jù)，那么在核定的過程中，稅務機關要優(yōu)先選擇最能反映真實計稅依據(jù)的核定方法，并且納稅人如有特殊情況存在，稅務機關理應充分考慮此特殊情況，以盡可能貼近真實的計稅依據(jù)查賬征收和核定征收的區(qū)別。

我國納稅人申報納稅的方式有兩種：自主申報(查賬征收)是主要方式，核定征收是次要方式。對于財務制度健全查賬征收和核定征收的區(qū)別，納稅信用度良好的企業(yè)適用查賬征收，對于賬簿設立不完善的企業(yè)，稅務機關無法掌握其經(jīng)營狀況，只能適用核定征收。稅收核定制度的建立，是以保障稅款不流失為目的，通過強制手段來保證征稅權(quán)的實現(xiàn)。因此，稅收核定制度是我國稅法體系中非常重要的部分。

稅收核定征收權(quán)司法控制中根本的問題在于實踐中司法能動性發(fā)揮得遠遠不夠，沒有真正發(fā)揮其監(jiān)督作用，究其原因有以下幾點：(一）保護納稅人的理念未落實“司法理念是人們在認識司法活動客觀規(guī)律過程中所形成的價值觀念，是指導社會主體參與或評價司法活動的思想準則?！?司法理念是司法制度的核心和基礎，在指導著制度設計的基礎上，規(guī)定著制度的運行和發(fā)展。核定征收權(quán)司法控制之所以難以起到應有作用的一個很重要的原因就在于法院偏重于保障的稅收利益，沒有同等維護納稅人的民事和其他合法利益，指導司法活動的理念不夠科學。

正常情況下，納稅人在滿足課稅要件繳納稅款時，只需要根據(jù)自己的會計賬簿如實向稅款征納機關申報，納稅人承擔的稅收債務就會得到確定，這也就不會產(chǎn)生稅款核課的問題。但有時候，納稅人按照法律不需要設立賬簿，自然不能提供完整的會計賬簿自行申報納稅，根據(jù)稅收公平原則，這時稅務機關就要參照同類行業(yè)同類規(guī)模的其他企業(yè)或者法律規(guī)定的方法確定納稅人的應納稅款額。

核定征收的適用條件，適用最多的規(guī)定是《稅收征收管理法》第三十五條。這一條中規(guī)定了適用核定征收的六種情形，具體包括：，依照法律、行政法規(guī)的規(guī)定可以不設置帳簿的；依照法律、行政法規(guī)的規(guī)定應當設置帳簿但未設置的；第三，擅自銷毀帳簿或者拒不提供納稅資料的；第四，雖設置帳簿，但帳目混亂或者成本資料、收入憑證、費用憑證殘缺不全，難以查帳的；第五，發(fā)生納稅義務，未按照規(guī)定的期限辦理納稅申報，經(jīng)稅務機關責令限期申報，逾期仍不申報的；第六查賬征收和核定征收的區(qū)別，納稅人申報的計稅依據(jù)明顯偏低，又無正當理由的。

核定征收制度的設計，本身是出于對稅負公平原則的追求，據(jù)實納稅。但是，由于種種主客觀原因，使得核定的應納稅額與實際還是可能有較大出入，從而無法起到實現(xiàn)公平的效果。其次，在核定征收時，稅務機關在適用條件和方法選擇上有很大的裁量空間，若被濫用很可能成為稅務機關權(quán)力尋租的手段，給納稅人的生產(chǎn)和生活造成惡劣的影響。稅務人員或者稅務機關整體有自己的利益追求，一旦發(fā)生權(quán)力尋租則會誘發(fā)腐敗。侵蝕稅基，損害的稅收利益。，濫用核定征收權(quán)會侵害納稅人權(quán)利，給納稅人財產(chǎn)造成損失。特別是核定征收畢竟是根據(jù)間接資料進行的蓋然性的衡量，往往會在存疑的情況下，傾向于保障稅收利益，而做出對納稅人不利的決定，這無疑是對納稅人財產(chǎn)的一種侵害。因此，為了保證核定征收權(quán)發(fā)揮其保障稅收利益和納稅人財產(chǎn)權(quán)益、公平稅負的作用，對稅收核定征收權(quán)進行控制的研究就極為重要查賬征收和核定征收的區(qū)別。