通過降低證明標準，核定征收利于納稅人履行協(xié)助義務配合稅務機關查清課稅事實核定征收稅率。但在核定征收中，稅務機關就推定依據(jù)的間接證據(jù)以及經(jīng)驗法則的內(nèi)容加以證明，并允許納稅人反駁，其反證只需達到使事實處于真?zhèn)尾幻鳡顟B(tài)即可。

在舉證的過程中，稅務機關承擔舉證責任，納稅人承擔提供證據(jù)的責任。在稅務機關認定納稅人計稅依據(jù)不合理的舉證過程中，納稅人可以提供證據(jù)證明自己的交易結果真實有理由，在提供此種證據(jù)的情況下，稅務機關需要證明納稅人有計稅依據(jù)偏低的故意，且欲因此逃避稅款征收，才能說明計稅依據(jù)明顯偏低，沒有正當理由。當納稅人提供證據(jù)，對稅務機關的核定征收的舉證達到了合理懷疑，稅務機關應該提供更強的證據(jù)去否定納稅人的證據(jù)，才能據(jù)此認定納稅人的證據(jù)不具有優(yōu)勢。

在現(xiàn)實法律實踐中，如果稅務機關認為交易的結果不合理，稅務機關無法據(jù)此作為計稅依據(jù)進行征稅核定征收稅率，稅務機關就要承擔起舉證責任。稅務機關要去證明該計稅依據(jù)不合理，當然在初期階段稅務機關對納稅人提出懷疑時，可以不提供全面證據(jù)核定征收稅率。因為稅務機關在調(diào)查舉證方面，會面臨很大的壓力，在保持合理懷疑減少稅收逃避方面，應給與稅務機關合理的自由。稅務機關在面對非常規(guī)的依據(jù)時，保持合理的懷疑也有利于保障稅收的征納。

《牛津法律大辭典》對“司法”所作的界定是：“關于法官的術語，在很多情況下區(qū)別于‘立法的’和‘行政的’，在另外一些情況下區(qū)別于‘司法之外的’，后者指不經(jīng)過法院的處理以及沒有法官的干預的處理”。 “控制”根據(jù)《辭海》的解釋是：“掌握住，使不越出范圍，操縱。如：控制字數(shù)、自動控制”。 所謂稅收核定征收權的司法控制，就是指人民法院對稅收核定爭議案件進行審理，以此規(guī)范稅收核定權依法行使，保護納稅人權利和稅收利益。

對合法的稅務調(diào)查不提供賬簿文件等，且又不具備其他進行實質(zhì)課稅的資料。 另一方面，針對“計稅依據(jù)明顯偏低且無正當理由”的適用，筆者認為在判斷計稅依據(jù)是否明顯偏低時，要注意以接近實際稅基為基準，具體結合理由的正當程度，判斷計稅依據(jù)是否明顯偏低。另外還應明確衡量計稅依據(jù)是否明顯偏低的參照標準，出臺細化裁量基準的規(guī)范，區(qū)別交易對象和交易類型，明確列示可比價格選擇時的參考因素，并以“不具有合理商業(yè)目的而減少應納稅收入或者所得額”的表述代替“無正當理由”。

稅收公平原則曾被亞當?斯密列于稅收四大原則之首，是近代平等性憲法原則在稅收法律體系中的具體表現(xiàn)。稅收公平原則指一方面納稅人的納稅負擔應與其財政狀況相匹配，另一方面處在同一水平的納稅人納稅負擔保持均衡氣公平，包含公正、平等、合理的意思。即所有納稅人擁有的平等的法律地位，承擔公平合理的稅收負擔，但又并非絕對的等額負擔。稅收學界對公平原則存在兩種理解：一為利益賦稅原則核定征收稅率，一為量能課稅原則。