《中華人民共和國知識產(chǎn)權(quán)海關(guān)保護條例》(以下簡稱《條例》)沒有在總則中列出實施知識產(chǎn)權(quán)海關(guān)保護應(yīng)當(dāng)遵循的原則，但這些原則隱含在各章的條款中，主要可以概括為以下六項：

1.“預(yù)先備案”原則

隨著國際貿(mào)易的不斷發(fā)展，出入境領(lǐng)域的知識產(chǎn)權(quán)侵權(quán)行為也日益增多。社會各階層開始意識到保護知識產(chǎn)權(quán)的重要性，越來越多的企業(yè)和個人申請注冊商標(biāo)權(quán)、專利權(quán)和著作權(quán)。截至2003年底，我國有效注冊商標(biāo)190多萬件，加上國內(nèi)外其他知識產(chǎn)權(quán)，可謂多如牛毛。對于如此大量的知識產(chǎn)權(quán)，海關(guān)不可能也不可能承擔(dān)全部保護職能。為了有重點地保護知識產(chǎn)權(quán)，集中力量打擊進出境環(huán)節(jié)的侵權(quán)行為，中國海關(guān)采取“備案先行”的原則保護知識產(chǎn)權(quán)。所謂“預(yù)備案”，是指商標(biāo)所有人請求海關(guān)保護其與進出境貨物有關(guān)的商標(biāo)權(quán)的，應(yīng)當(dāng)將其商標(biāo)權(quán)向海關(guān)總署備案，并在認為必要時向海關(guān)申請采取保護措施；商標(biāo)所有人請求海關(guān)對未向海關(guān)總署備案的商標(biāo)權(quán)采取保護措施的，應(yīng)當(dāng)同時向海關(guān)總署提出申請。通過采取“備案先行”的原則，海關(guān)還可以對申請保護的商標(biāo)權(quán)進行初步權(quán)利審核和有效性審核，防止無權(quán)申請保護的企業(yè)或個人申請保護，從而影響他人的正常進出口貿(mào)易。同時，在備案時，權(quán)利人應(yīng)提供商標(biāo)權(quán)現(xiàn)狀、權(quán)利人聯(lián)系方式、商標(biāo)權(quán)的合法使用、涉嫌侵權(quán)單位、相關(guān)圖片和照片等信息。以便海關(guān)在日常監(jiān)管貨物中確定檢查重點，并及時進行比較。一旦發(fā)現(xiàn)涉嫌侵權(quán)商品，可以及時聯(lián)系權(quán)利人。海關(guān)保護和商標(biāo)權(quán)備案也可以對進出口侵權(quán)商品的企業(yè)起到警示和威懾作用。

到2003年，在海關(guān)總署注冊的知識產(chǎn)權(quán)共有3728項，其中注冊為商標(biāo)權(quán)的有2392項，約占69%。商標(biāo)權(quán)注冊中，國內(nèi)商標(biāo)注冊1387件，約占58%。

2.“主動保護”與“被動保護”相結(jié)合的原則

國外知識產(chǎn)權(quán)海關(guān)保護主要有兩種類型：一種是遵循被動保護原則，即必須以知識產(chǎn)權(quán)權(quán)利人的保護意志為前提。權(quán)利人未申請保護的，海關(guān)不會主動調(diào)查；另一種是海關(guān)依職權(quán)主動調(diào)查。

鑒于侵犯商標(biāo)權(quán)不僅直接損害權(quán)利人的利益，也侵害了國家和消費者的利益。海關(guān)作為進出境貨物的監(jiān)管機關(guān)，應(yīng)當(dāng)有權(quán)主動查處和扣押屬于禁止進出口貨物的商標(biāo)侵權(quán)貨物。同時，海關(guān)對商標(biāo)權(quán)的保護是以保證合法國際貿(mào)易暢通為前提的。海關(guān)不可能為了制止有商標(biāo)侵權(quán)行為的進出境貨物而對所有進出境貨物進行逐一檢查。一般情況下，只有通過商標(biāo)權(quán)人的申請，并提供盡可能詳細的信息，才能被查封。因此，根據(jù)中國的國情和國際海關(guān)慣例，中國海關(guān)采取了“積極保護”和“消極保護”相結(jié)合的原則。

3.保證與反擔(dān)保相結(jié)合的原則

商標(biāo)權(quán)利人的申請經(jīng)依法核準(zhǔn)后

出于公平考慮，并鑒于商標(biāo)權(quán)人在信息不完整或失真的情況下可能提出不當(dāng)主張，為使雙方損失最小化，各國海關(guān)一般允許貨主對其貨物被扣押提出異議并有權(quán)申請通關(guān)，但同時必須提供反擔(dān)保。這種反擔(dān)保可以保證業(yè)主承擔(dān)相應(yīng)的法律責(zé)任，如扣發(fā)等值價款、罰款等。當(dāng)海關(guān)決定或法院判決確定其侵權(quán)時。

4.非商業(yè)性侵權(quán)商品的有限免責(zé)原則

在實施知識產(chǎn)權(quán)海關(guān)保護的國家和地區(qū)，侵犯知識產(chǎn)權(quán)的進出境貨物一般規(guī)定為禁止進出境貨物。同時，對少量攜帶、郵寄進出境的非商業(yè)侵權(quán)貨物采取有限豁免原則，不按侵權(quán)貨物處理，由海關(guān)放行。TRIPS協(xié)議也有類似的規(guī)定。

中國的知識產(chǎn)權(quán)海關(guān)保護也遵循這一國際慣例。個人攜帶進出境行李物品或者郵寄進出境物品超過自用合理數(shù)量，侵犯中華人民共和國法律、行政法規(guī)保護的知識產(chǎn)權(quán)的，視為侵權(quán)貨物，依照本條例的有關(guān)規(guī)定處理。相反，供個人使用的合理數(shù)量內(nèi)的侵權(quán)郵遞物品，不能作為侵權(quán)物品處理。

5.不接受當(dāng)事人之間民事糾紛的原則

商標(biāo)侵權(quán)的貨物進出境不僅是行政違法行為(情節(jié)嚴重的甚至是犯罪行為)，也是民事侵權(quán)行為。

除海關(guān)對侵權(quán)人的行政處罰(或司法機關(guān)追究刑事責(zé)任)外，商標(biāo)權(quán)人有權(quán)要求侵權(quán)人承擔(dān)相應(yīng)的民事責(zé)任。此外，商標(biāo)權(quán)人錯誤申請等不當(dāng)行為也可能對所有人構(gòu)成侵權(quán)，使其因貨物無法及時進出境而遭受損失，所有人也有權(quán)要求所有人承擔(dān)相應(yīng)的民事責(zé)任。

根據(jù)我國《民法通則》等相關(guān)法律，當(dāng)事人之間的民事糾紛可以通過協(xié)商、第三方調(diào)解、仲裁或司法等方式解決。

海關(guān)作為國家行政機關(guān)，負責(zé)對關(guān)境進出境進行監(jiān)督管理，沒有能力也無權(quán)受理民事糾紛。

6.保守商業(yè)秘密的原則

在實施商標(biāo)權(quán)進出境保護過程中，海關(guān)通過備案、申請等方式辦理。

握了大量的權(quán)利人的商業(yè)秘密，如與商標(biāo)權(quán)有關(guān)的貨物的進出口商正常價格等情況即屬于商業(yè)秘密的范疇。在市場經(jīng)濟競爭日趨激烈的今天，“商場如戰(zhàn)場”，保守商業(yè)秘密對企業(yè)具有重要意義。因此，《條例》第六條規(guī)定：“海關(guān)實施知識產(chǎn)權(quán)保護時，應(yīng)當(dāng)保守有關(guān)當(dāng)事人的商業(yè)秘密”。