《中華人民共和國(guó)知識(shí)產(chǎn)權(quán)海關(guān)保護(hù)條例》(以下簡(jiǎn)稱《條例》)沒(méi)有在總則中列出實(shí)施知識(shí)產(chǎn)權(quán)海關(guān)保護(hù)應(yīng)當(dāng)遵循的原則，但這些原則隱含在各章的條款中，主要可以概括為以下六項(xiàng)：

1.“預(yù)先備案”原則

隨著國(guó)際貿(mào)易的不斷發(fā)展，出入境領(lǐng)域的知識(shí)產(chǎn)權(quán)侵權(quán)行為也日益增多。社會(huì)各階層開(kāi)始意識(shí)到保護(hù)知識(shí)產(chǎn)權(quán)的重要性，越來(lái)越多的企業(yè)和個(gè)人申請(qǐng)注冊(cè)商標(biāo)權(quán)、專利權(quán)和著作權(quán)。截至2003年底，我國(guó)有效注冊(cè)商標(biāo)190多萬(wàn)件，加上國(guó)內(nèi)外其他知識(shí)產(chǎn)權(quán)，可謂多如牛毛。對(duì)于如此大量的知識(shí)產(chǎn)權(quán)，海關(guān)不可能也不可能承擔(dān)全部保護(hù)職能。為了有重點(diǎn)地保護(hù)知識(shí)產(chǎn)權(quán)，集中力量打擊進(jìn)出境環(huán)節(jié)的侵權(quán)行為，中國(guó)海關(guān)采取“備案先行”的原則保護(hù)知識(shí)產(chǎn)權(quán)。所謂“預(yù)備案”，是指商標(biāo)所有人請(qǐng)求海關(guān)保護(hù)其與進(jìn)出境貨物有關(guān)的商標(biāo)權(quán)的，應(yīng)當(dāng)將其商標(biāo)權(quán)向海關(guān)總署備案，并在認(rèn)為必要時(shí)向海關(guān)申請(qǐng)采取保護(hù)措施；商標(biāo)所有人請(qǐng)求海關(guān)對(duì)未向海關(guān)總署備案的商標(biāo)權(quán)采取保護(hù)措施的，應(yīng)當(dāng)同時(shí)向海關(guān)總署提出申請(qǐng)。通過(guò)采取“備案先行”的原則，海關(guān)還可以對(duì)申請(qǐng)保護(hù)的商標(biāo)權(quán)進(jìn)行初步權(quán)利審核和有效性審核，防止無(wú)權(quán)申請(qǐng)保護(hù)的企業(yè)或個(gè)人申請(qǐng)保護(hù)，從而影響他人的正常進(jìn)出口貿(mào)易。同時(shí)，在備案時(shí)，權(quán)利人應(yīng)提供商標(biāo)權(quán)現(xiàn)狀、權(quán)利人聯(lián)系方式、商標(biāo)權(quán)的合法使用、涉嫌侵權(quán)單位、相關(guān)圖片和照片等信息。以便海關(guān)在日常監(jiān)管貨物中確定檢查重點(diǎn)，并及時(shí)進(jìn)行比較。一旦發(fā)現(xiàn)涉嫌侵權(quán)商品，可以及時(shí)聯(lián)系權(quán)利人。海關(guān)保護(hù)和商標(biāo)權(quán)備案也可以對(duì)進(jìn)出口侵權(quán)商品的企業(yè)起到警示和威懾作用。

到2003年，在海關(guān)總署注冊(cè)的知識(shí)產(chǎn)權(quán)共有3728項(xiàng)，其中注冊(cè)為商標(biāo)權(quán)的有2392項(xiàng)，約占69%。商標(biāo)權(quán)注冊(cè)中，國(guó)內(nèi)商標(biāo)注冊(cè)1387件，約占58%。

2.“主動(dòng)保護(hù)”與“被動(dòng)保護(hù)”相結(jié)合的原則

國(guó)外知識(shí)產(chǎn)權(quán)海關(guān)保護(hù)主要有兩種類型：一種是遵循被動(dòng)保護(hù)原則，即必須以知識(shí)產(chǎn)權(quán)權(quán)利人的保護(hù)意志為前提。權(quán)利人未申請(qǐng)保護(hù)的，海關(guān)不會(huì)主動(dòng)調(diào)查；另一種是海關(guān)依職權(quán)主動(dòng)調(diào)查。

鑒于侵犯商標(biāo)權(quán)不僅直接損害權(quán)利人的利益，也侵害了國(guó)家和消費(fèi)者的利益。海關(guān)作為進(jìn)出境貨物的監(jiān)管機(jī)關(guān)，應(yīng)當(dāng)有權(quán)主動(dòng)查處和扣押屬于禁止進(jìn)出口貨物的商標(biāo)侵權(quán)貨物。同時(shí)，海關(guān)對(duì)商標(biāo)權(quán)的保護(hù)是以保證合法國(guó)際貿(mào)易暢通為前提的。海關(guān)不可能為了制止有商標(biāo)侵權(quán)行為的進(jìn)出境貨物而對(duì)所有進(jìn)出境貨物進(jìn)行逐一檢查。一般情況下，只有通過(guò)商標(biāo)權(quán)人的申請(qǐng)，并提供盡可能詳細(xì)的信息，才能被查封。因此，根據(jù)中國(guó)的國(guó)情和國(guó)際海關(guān)慣例，中國(guó)海關(guān)采取了“積極保護(hù)”和“消極保護(hù)”相結(jié)合的原則。

3.保證與反擔(dān)保相結(jié)合的原則

商標(biāo)權(quán)利人的申請(qǐng)經(jīng)依法核準(zhǔn)后

出于公平考慮，并鑒于商標(biāo)權(quán)人在信息不完整或失真的情況下可能提出不當(dāng)主張，為使雙方損失最小化，各國(guó)海關(guān)一般允許貨主對(duì)其貨物被扣押提出異議并有權(quán)申請(qǐng)通關(guān)，但同時(shí)必須提供反擔(dān)保。這種反擔(dān)保可以保證業(yè)主承擔(dān)相應(yīng)的法律責(zé)任，如扣發(fā)等值價(jià)款、罰款等。當(dāng)海關(guān)決定或法院判決確定其侵權(quán)時(shí)。

4.非商業(yè)性侵權(quán)商品的有限免責(zé)原則

在實(shí)施知識(shí)產(chǎn)權(quán)海關(guān)保護(hù)的國(guó)家和地區(qū)，侵犯知識(shí)產(chǎn)權(quán)的進(jìn)出境貨物一般規(guī)定為禁止進(jìn)出境貨物。同時(shí)，對(duì)少量攜帶、郵寄進(jìn)出境的非商業(yè)侵權(quán)貨物采取有限豁免原則，不按侵權(quán)貨物處理，由海關(guān)放行。TRIPS協(xié)議也有類似的規(guī)定。

中國(guó)的知識(shí)產(chǎn)權(quán)海關(guān)保護(hù)也遵循這一國(guó)際慣例。個(gè)人攜帶進(jìn)出境行李物品或者郵寄進(jìn)出境物品超過(guò)自用合理數(shù)量，侵犯中華人民共和國(guó)法律、行政法規(guī)保護(hù)的知識(shí)產(chǎn)權(quán)的，視為侵權(quán)貨物，依照本條例的有關(guān)規(guī)定處理。相反，供個(gè)人使用的合理數(shù)量?jī)?nèi)的侵權(quán)郵遞物品，不能作為侵權(quán)物品處理。

5.不接受當(dāng)事人之間民事糾紛的原則

商標(biāo)侵權(quán)的貨物進(jìn)出境不僅是行政違法行為(情節(jié)嚴(yán)重的甚至是犯罪行為)，也是民事侵權(quán)行為。

除海關(guān)對(duì)侵權(quán)人的行政處罰(或司法機(jī)關(guān)追究刑事責(zé)任)外，商標(biāo)權(quán)人有權(quán)要求侵權(quán)人承擔(dān)相應(yīng)的民事責(zé)任。此外，商標(biāo)權(quán)人錯(cuò)誤申請(qǐng)等不當(dāng)行為也可能對(duì)所有人構(gòu)成侵權(quán)，使其因貨物無(wú)法及時(shí)進(jìn)出境而遭受損失，所有人也有權(quán)要求所有人承擔(dān)相應(yīng)的民事責(zé)任。

根據(jù)我國(guó)《民法通則》等相關(guān)法律，當(dāng)事人之間的民事糾紛可以通過(guò)協(xié)商、第三方調(diào)解、仲裁或司法等方式解決。

海關(guān)作為國(guó)家行政機(jī)關(guān)，負(fù)責(zé)對(duì)關(guān)境進(jìn)出境進(jìn)行監(jiān)督管理，沒(méi)有能力也無(wú)權(quán)受理民事糾紛。

6.保守商業(yè)秘密的原則

在實(shí)施商標(biāo)權(quán)進(jìn)出境保護(hù)過(guò)程中，海關(guān)通過(guò)備案、申請(qǐng)等方式辦理。

握了大量的權(quán)利人的商業(yè)秘密，如與商標(biāo)權(quán)有關(guān)的貨物的進(jìn)出口商正常價(jià)格等情況即屬于商業(yè)秘密的范疇。在市場(chǎng)經(jīng)濟(jì)競(jìng)爭(zhēng)日趨激烈的今天，“商場(chǎng)如戰(zhàn)場(chǎng)”，保守商業(yè)秘密對(duì)企業(yè)具有重要意義。因此，《條例》第六條規(guī)定：“海關(guān)實(shí)施知識(shí)產(chǎn)權(quán)保護(hù)時(shí)，應(yīng)當(dāng)保守有關(guān)當(dāng)事人的商業(yè)秘密”。